Как заявил Алексашенко изданию, к решению уехать его подтолкнуло то, что ему не дали переизбраться в совет директоров «Аэрофлота». Алексашенко планирует возвратиться в мае 2014 года. «Это не договор, средств мне не платят. В моих планах - поработать над парой исследовательских проектов», - отметил он. Автоответчик на телефоне экономиста докладывает: «Я улетел навечно и в иной часовой пояс. В последнее время вы не можете побеседовать со мной».
В 1990 году Сергей Алексашенко работал в комиссии по экономической реформе Совета министров СССР. В мае 1993 года был назначен заместителем министра денег. Опосля отставки возглавлял Российскую ассоциацию денежных бирж. 25 декабря 1995 года назначен первым зампредом Центробанка; в отставку ушел в сентябре 1998 года. После чего работал в ряде бизнес-структур, включая «Интеррос» и российское отделение банка Merrill Lynch.
С декабря 2008 года - директор по макроэкономическим исследованиям ГУ-ВШЭ, член научного совета столичного Центра Карнеги. Вкупе с председателем Столичной Хельсинкской группы Людмилой Алексеевой и судьей Конституционного суда в отставке Тамарой Морщаковой сделал Независящий совет по правам человека.
Экс-ректор Российской экономической школы Сергей Гуриев, уехавший из России в мае 2013 года - опосля допросов по делу ЮКОСа, именовал в общении с «Коммерсантом» отъезд Сергея Алексашенко «большой потерей». Прошлый замминистра денег Алексей Саватюгин считает, что отъезд таковых профессионалов «должен огорчать»: «У нас не настолько не мало мастерски мыслящих людей, готовых высказывать свое мировоззрение. Мы нередко спорили, пока я работал в Минфине, но все его аргументы были сверенными и корректными».